Praimeri dimeeri artefaktid esinevad tavaliselt suure lävitsükli arvu juures (tavaliselt > 35 tsüklit), mis on suurem kui soovitud amplikoni lävitsükli arv. Praimeri dimeerid suurenevad märgatav alt, kui lisatakse heteroloogne genoomne DNA.
Kus näete DNA geelil praimerite dimeere?
Mittekvantitatiivse lõpp-punkti PCR korral ilmub praimeri dimeer agaroosgeelil enam-vähem nõrga määrdumisena huvipakkuva tooteriba all.
Kuidas tekivad praimeri dimeerid?
Praimeri dimeerid moodustuvad kui kaks praimerit seonduvad üksteisega, mitte matriitsi DNA-ga, praimerite komplementaarsuse piirkondade tõttu.
Kuidas tuvastada praimeri dimeere?
Lihtsaim viis praimer-dimeeride kontrollimiseks on kõrvaldada oma reaktsioone negatiivse kontrolliga (DNA või RNA asemel vesi). Negatiivses kontrollis moodustuvad ikkagi praimeri dimeerid. Mõned praimerite komplektid moodustavad suurema tõenäosusega dimeere kui teised.
Miks praimeri dimeerid ilmuvad?
Praimeri kõrge kontsentratsiooni tõttu PCR-reaktsioonisegus on näha enamasti praimeri dimeere. Või kui PCR amplifikatsiooni pole ja agaroosgeelis on praimeri dimeeril näha. Kui näete PCR-produkti, saate vähendada praimimise kontsentratsiooni ja jätta muud tingimused samaks.
