Homoloogiamudeleid saab kasutada ka peente erinevuste tuvastamiseks seotud valkude vahel, mida pole kõik struktuurselt lahendatud . Näiteks kasutati seda meetodit katioonide sidumissaitide tuvastamiseks Na+/K+ ATPaasil ja hüpoteeside esitamiseks erinevate ATPaaside seondumisafiinsuse kohta..
Mille jaoks homoloogiamudeleid kasutatakse?
Homoloogia modelleerimine on üks arvutuslikest struktuuride ennustamismeetoditest, mida kasutatakse valgu 3D struktuuri määramiseks selle aminohappejärjestuse järgi. Seda peetakse arvutusliku struktuuri ennustamise meetoditest kõige täpsemaks. See koosneb mitmest etapist, mis on lihtsad ja hõlpsasti rakendatavad.
Mis on homoloogia modelleerimine ja miks seda vaja on?
Homoloogia modelleerimine annab sihtvalgu kolmemõõtmelise struktuuri, mis põhineb matriitsi ja sihtmärkjärjestuste sarnasusel ning see meetod osutub tõhusaks, kui on vaja uurida membraanivalke, mis on raske kristalliseerida nagu GPCR, kuna see annab parema arusaamise …
Kuidas teha homoloogiamudelit?
homoloogia modelleerimisel on mitu etappi
- malli valimine teie sihtjärjestuse abil. Sel eesmärgil saate teha BLASTp-i otsingu kõigi saadaolevate valgustruktuuride (PDB) järgi. …
- Malli ja sihtjärjestuse joondamine. …
- Teie mudeli kvaliteet. …
- Täiustamineoma mudelist vastav alt.
Mis on hea homoloogia modelleerimine?
Kui määratleme "väga eduka homoloogia mudeli" sellisena, mille empiirilisest struktuurist on <=2 Å rmsd, siis peab mallil olema edu saavutamiseks sihtmärgiga järjestuse identsus >=60%. kurss >70%. Isegi suure järjestuse identiteedi korral (60%-95%) on koguni igal kümnendikul homoloogiamudelil rmsd >5 Å vs.
