Kromosoomi konformatsiooni püüdmisel (3C) põhinevad meetodid avaldavad kromosoomide korraldust tuuma sees, määrates kromatiini piki punktide paaride füüsilise läheduse. Nad säilitavad kromatiini interaktsioonid ristsidumisega, millele järgneb interakteeruvate piirkondade fragmenteerimine, ligeerimine ja järjestamine.
Kuidas kromosoomi konformatsiooni püüdmine töötab?
Kromosoomi konformatsiooni püüdmine kiibil (4C) jäädvustab interaktsioonid ühe lookuse ja kõigi teiste genoomsete lookuste vahel. See hõlmab teist ligeerimisetappi, et luua isetsirkulaarsed DNA fragmendid, mida kasutatakse pöörd-PCR läbiviimiseks. … Ühel mikrokiibil saab analüüsida ligikaudu miljonit interaktsiooni.
Mis on kromatiini konformatsiooni püüdmine?
Chromatin Conformation Capture (3C) on oluline tehnika, mida kasutatakse kromatiini struktuuri uurimiseks, samuti mitmete muude tuletusmeetodite aluseks. … Protokoll hõlmab rakkude formaldehüüdi ristsidumist, millele järgneb kromatiini eraldamine ja seedimine restriktsiooniensüümiga.
Kuidas Hi-C järjestamine töötab?
Hi-C lähenemine laiendab 3C-Seq, et kaardistada kromatiini kontaktid kogu genoomi ulatuses ja seda on rakendatud ka in situ kromatiini interaktsioonide uurimisel. Selle meetodi puhul ristseotakse DNA-valgu kompleksid formaldehüüdiga. Proov fragmenteeritakse ning DNA ekstraheeritakse, ligeeritakse ja seeditakse restriktsiooniensüümidega.
Mis on Hi-C tehnika?
Klassikaline Hi-C tehnika hõlmab formaldehüüdiga ristseotud genoomi restriktsioonilist lõhustamist järjestusspetsiifiliste restriktsiooniensüümidega, millele järgneb seeditud otste täitmine ja parandamine, lisades biotiiniga seotud nukleotiidid. Seejärel ligeeritakse parandatud otsad uuesti.
